Στις αρχές Δεκεμβρίου 1943, οι κατοχικές αρχές σχεδίασαν μια επιχείρηση με στόχο την εξόντωση των ανταρτών στις περιοχές ανάμεσα στις εκβολές του Αλιάκμονα, της Βέροιας, των Σερβίων και της Κατερίνης. Η επιχείρηση, η οποία ονομάστηκε «Ιππόκαμπος/Seepferd», καθορίστηκε να ξεκινήσει στις 18 Δεκεμβρίου 1943. Στο πλαίσιο του σχεδιασμού της επιχείρησης, ο 7ος Λόχος του 2ου Τάγματος του 7ου Συντάγματος των Ες Ες, υπό την ηγεσία του Λοχαγού Γκέρχαρντ Κλίνγκενχεφερ (Gerhard Klingenhöfer), είχε σταλεί στο χωριό Βελβεντός για να αποτρέψει τη διαφυγή αντάρτικων ομάδων προς τα δυτικά. Στις 18 Δεκεμβρίου, οι δυνάμεις του Κλίνγκενχεφερ κινήθηκαν προς το Καταφύγιο, όπου έδρευε το 2ο Τάγμα του ΕΛΑΣ, το οποίο αποτελούνταν από περίπου εκατό άνδρες.

Ο λόχος των Ες Ες, υποστηριζόμενος από μοίρα πυροβολικού, που είχε τοποθετηθεί βόρεια των Σερβίων, έφτασε αρχικά στα δυτικά του χωριού, στην περιοχή της εκκλησίας του Αγίου Δημητρίου και του κοιμητηρίου. Εκεί, βρισκόταν ένα φυλάκιο του ΕΛΑΣ και μια μικρή περίπολος αποτελούμενη από περίπου πέντε αντάρτες. Έπειτα από μια σύντομη συμπλοκή, οι κατοχικές δυνάμεις κατέλαβαν το φυλάκιο και οι αντάρτες διέφυγαν βορειοανατολικά. Ωστόσο, λίγο αργότερα, ισχυρότερες δυνάμεις ανταρτών επέστρεψαν και επιτέθηκαν στον γερμανικό λόχο, ο οποίος τράπηκε σε φυγή προς τα βορειοδυτικά. Κατά τη διάρκεια της μάχης της 18^ης Δεκεμβρίου στο Καταφύγιο, σκοτώθηκαν τέσσερις άνδρες του 7ου Λόχου των Ες Ες. Ως αντίποινα για την ανεπιτυχή κατάληψη του Καταφυγίου, οι στρατιώτες του Κλίνγκενχεφερ εισέβαλαν στο χωριό Αγία Κυριακή (Σκούλιαρη) και επιδόθηκαν σε πυρπολήσεις και καταστροφές οικιών.

Στις 20 Δεκεμβρίου, ακολουθώντας την καταστροφή των χωριών Ρυάκια και Ελατοχώρι, συντεταγμένες δυνάμεις του πυροβολικού, του 1004ου Τάγματος Πεζικού, καθώς και της Ομάδας Μάχης υπό τη διοίκηση του Συνταγματάρχη Εμπερλάιν, επιτέθηκαν και κατέλαβαν το Καταφύγιο. Οι αντάρτες, καθώς και οι περισσότεροι κάτοικοι του χωριού, έχοντας ενημερωθεί εγκαίρως για την επικείμενη επίθεση, είχαν ήδη εγκαταλείψει την περιοχή και είχαν καταφύγει στις γειτονικές δασώδεις περιοχές. Οι κατοχικές δυνάμεις μεταξύ της 20^ης και 23^ης Δεκεμβρίου, λεηλάτησαν και πυρπόλησαν το έρημο χωριό, προξενώντας τεράστιες καταστροφές. Περίπου 450 κατοικίες, 3 εκκλησίες, 1 σχολείο, καθώς και το κτίριο του Παρθεναγωγείου-Ταπητουργείου παραδόθηκαν στη φωτιά. Ο ναός του Αγίου Νικολάου, μνημείο του 18^ου αιώνα, συνιστά από τις λιγοστές, περιπτώσεις κτιρίων που διασώθηκαν από την καταστροφή, καθώς και ένα σπίτι, στο αέτωμα της μπροστινής όψης του οποίου διακρίνεται η επιγραφή: 1940 Ν.Ζ. Παράλληλα με τις πυρπολήσεις, οι δυνάμεις των κατακτητών πραγματοποίησαν εκτελέσεις και συλλήψεις όσων κατοίκων επιχείρησαν να επιστρέψουν στο Καταφύγιο από τις κρυψώνες τους. Οι κάτοικοι που αιχμαλωτίστηκαν μεταφέρθηκαν προσωρινά στο Βελβεντό και έπειτα εκτοπίστηκαν με τη βία σε χωριά ανατολικά της Κοζάνης.

Στη διάρκεια των επιθέσεων που σημειώθηκαν από τις 18 έως τις 23 Δεκεμβρίου 1943, 21 κάτοικοι του Καταφυγίου, ανάμεσά τους 11 γυναίκες, έχασαν τη ζωή τους από τις βιαιοπραγίες των κατοχικών δυνάμεων. Οι περισσότεροι από αυτούς εκτελέστηκαν ή κάηκαν ζωντανοί στις 23 Δεκεμβρίου. Το ολοκαύτωμα του Καταφυγίου, που έλαβε χώρα μεταξύ της 20ής και της 23ής Δεκεμβρίου, σηματοδότησε το τέλος της επιχείρησης «Ιππόκαμπος». Παρά τις εκτεταμένες καταστροφές και τις εκτελέσεις άμαχου πληθυσμού από τις κατοχικές δυνάμεις στις περιοχές βόρεια του Ολύμπου, η επιχείρηση «Ιππόκαμπος» απέτυχε να φέρει εις πέρας τον κύριο στόχο της, που ήταν η εξάλειψη των αντάρτικων δυνάμεων στην ευρύτερη περιοχή.

Τον Ιούνιο του 2017, το ελληνικό κράτος ανακήρυξε το Καταφύγιο μαρτυρικό χωριό με το υπ’ αριθμ. 49/19.05.2017 Προεδρικό Διάταγμα, τιμώντας με τον τρόπο αυτό τη μνήμη των θυμάτων του ολοκαυτώματος.