Τον Απρίλιο του 1944, οι Κατοχικές Δυνάμεις, εφαρμόζοντας το σχέδιο «Μαγιάτικη Καταιγίδα» (Maigenwitter), επιχείρησαν να αναλάβουν πλήρη έλεγχο των περασμάτων του ορεινού όγκου του Βερμίου και να περικυκλώσουν τους αντάρτες που δραστηριοποιούνταν στις γύρω περιοχές. Στις 23 Απριλίου 1944, δυνάμεις της «μοίρας ασφαλείας» (Ες Ες), σε συνεργασία με Ιταλούς στρατιώτες και Έλληνες συνεργάτες, εισέβαλαν στο Μεσόβουνο και στους Πύργους, αναζητώντας αντάρτες του ΕΛΑΣ, καθώς και Άγγλους και Αμερικανούς αξιωματικούς και στρατιώτες που δραστηριοποιούνταν στην περιοχή.

Στις 24 Απριλίου, τα τάγματα των Ες Ες που βρίσκονταν στο Μεσόβουνο πυρπόλησαν το χωριό και στράφηκαν κατά των κατοίκων. Περίπου 100 χωριανοί, στην πλειονότητά τους γυναίκες, παιδιά και ηλικιωμένοι, στάλθηκαν σε στρατόπεδο συγκέντρωσης στην Πτολεμαΐδα. Ακόμα 35 άτομα που επιχείρησαν να διαφύγουν προς το Βέρμιο, πιάστηκαν και εκτελέστηκαν ή κάηκαν ζωντανοί από τις κατοχικές δυνάμεις. Άλλη μια μεγάλη ομάδα, αποτελούμενη από περίπου 150 άτομα, τα οποία προσπάθησαν να σωθούν διαφεύγοντας προς το Άνω Γραμματικό, εντοπίστηκαν στις πλαγιές του Βερμίου και εκτελέστηκαν. Μετά το τέλος της επιχείρησης απαγορεύτηκε στις γυναίκες και τα παιδιά που είχαν σωθεί και είχαν σταλεί στην Πτολεμαΐδα, να επιστέψουν στο χωριό. Για τον λόγο αυτό η πλειονότητά τους εγκαταστάθηκε σε χωριά της Εορδαίας.

Συνολικά, στη διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής, από τον Απρίλιο του 1941 μέχρι τον Οκτώβριο του 1944, στο Μεσόβουνο πραγματοποιήθηκαν τρεις βίαιες επιχειρήσεις αντιποίνων, που προκάλεσαν τον θάνατο πολλών αμάχων, την πλήρη καταστροφή της οικιστικής δομής και τον εκτοπισμό των επιζώντων. Η πρώτη, σημειώθηκε στις 23 Οκτωβρίου 1941, με την άφιξη του γερμανικού στρατού, την εκτέλεση περισσότερων από 142 ανδρών και την καταστροφή των 195 από τα 200 συνολικά σπίτια του χωριού. Η δεύτερη, έλαβε χώρα το 1943, στο δεύτερο μισό του μήνα Μαΐου. Κατά τη διάρκεια αυτής της επιχείρησης, πυρπολήθηκαν οι πρόχειρες κατοικίες που είχαν ανεγερθεί μετά το Ολοκαύτωμα του 1941. Τέλος, με την τρίτη επιχείρηση της 24^ης Απριλίου, οι κάτοικοι του Μεσόβουνου βίωσαν και πάλι την ωμότητα του πολέμου και έγιναν για ακόμη μια φορά μάρτυρες της ναζιστικής βαρβαρότητας.

Τον Δεκέμβριο του 1998 το Μεσόβουνο ανακηρύχθηκε μαρτυρικό χωριό με το υπ’ αριθμ. 399/07.12.1998 Προεδρικό Διάταγμα.