Τη νύχτα μεταξύ της 4ης και της 5ης Απριλίου 1944, μία διμοιρία ανταρτών του ΕΛΑΣ, με επικεφαλής τον Αλέξανδρο Ρόσιο (Καπετάν Υψηλάντη), κινήθηκε προς την Κλεισούρα με σκοπό να στήσει ενέδρα σε μια Γερμανική αυτοκινητοπομπή που, σύμφωνα με πληροφορίες, θα περνούσε από την περιοχή κατευθυνόμενη προς το Αμύνταιο. Το πρωί της 5ης Απριλίου, οι αντάρτες κύκλωσαν την Κλεισούρα και απαγόρευσαν στους κατοίκους να κινηθούν έξω από τα όρια του χωριού. Γύρω στις 09:00, ένα απόσπασμα ανταρτών προωθήθηκε προς την τοξωτή γέφυρα στην περιοχή «Νταούλι», αναμένοντας τη γερμανική φάλαγγα. Με την εμφάνιση της εμπροσθοφυλακής, οι αντάρτες εξαπέλυσαν επίθεση, σκοτώνοντας δύο μοτοσικλετιστές. Τα πτώματα των δύο Γερμανών βεβηλώθηκαν και τοποθετήθηκαν σε κοινή θέα.

Η εμφάνιση ισχυρών γερμανικών δυνάμεων ανάγκασε τους αντάρτες του ΕΛΑΣ σε φυγή. Ωστόσο, η επίθεση, ο θάνατος των δύο Γερμανών στρατιωτών, καθώς και η μεταχείριση των πτωμάτων τους προκάλεσαν την άμεση αντίδραση των κατοχικών στρατευμάτων. Στο στόχαστρο βρέθηκε η Κλεισούρα. Αρχικά, ένα μικρό απόσπασμα εστάλη στο χωριό για να ανιχνεύσει την παρουσία ανταρτών και για να καθησυχάσει τους κατοίκους. Στη συνέχεια, οι κατοχικές δυνάμεις, με την υποστήριξη του Βούλγαρου Κομιτατζή Κάλτσεφ, κύκλωσαν και εισέβαλαν στην Κλεισούρα, προχωρώντας σε εκτελέσεις και πυρπολήσεις.

Η καταστροφή της Κλεισούρας και η μαζική εκτέλεση των κατοίκων της, έστειλαν σκληρό μήνυμα εκφοβισμού στην ευρύτερη περιοχή, προειδοποιώντας τα γειτονικά χωριά να απέχουν από την υποστήριξη των αντιστασιακών ομάδων. Η βιαιότητα των κατακτητών οδήγησε στο θάνατο 280 αμάχων, κυρίως γυναικών και παιδιών, και προκάλεσε την καταστροφή του οικιστικού ιστού του χωριού. Από τα 350 σπίτια της Κλεισούρας, 150 καταστράφηκαν ολοσχερώς και άλλα 25 υπέστησαν μερικές ζημιές.

Η αποτρόπαια επίθεση στην Κλεισούρα από τις κατοχικές δυνάμεις προκάλεσε αντιδράσεις ακόμη και από ανώτατους αξιωματούχους των Ναζί. Ο Χέρμαν Νόιμπαχερ (Hermann Neubacher), πολιτικός εντεταλμένος του Τρίτου Ράιχ στα Βαλκάνια, με επιστολή του προς τον Ανώτερο Στρατιωτικό Διοικητή Νοτιοανατολικής Ευρώπης, Μαξιμίλιαν φον Βάιξ (Maximilian von Weichs) και προς το Υπουργείο Εξωτερικών, εξέφρασε την έντονη δυσαρέσκειά του. Χαρακτήρισε τα γεγονότα ως «παράλογο λουτρό αίματος», αντανακλώντας την έκπληξη και την απέχθεια που προκάλεσε η βιαιότητα του εγκλήματος στην Κλεισούρα ακόμα και στις ίδιες τις τάξεις του ναζιστικού καθεστώτος.

Τον Δεκέμβριο του 1998, το ελληνικό κράτος, τιμώντας τη μνήμη των θυμάτων του ολοκαυτώματος, ανακήρυξε την Κλεισούρα μαρτυρικό χωριό με το υπ’ αριθμ. 399/07.12.1998 Προεδρικό Διάταγμα.