Τον Απρίλιο του 1944, στο πλαίσιο της εφαρμογής του σχεδίου «Μαγιάτικη Καταιγίδα» (Maigenwitter), οι Κατοχικές Δυνάμεις στόχευαν στην πλήρη κυριαρχία των περασμάτων του Βερμίου και στην περικύκλωση των ανταρτών της περιοχής. Στις 23 Απριλίου, μονάδες των Ες Ες, με την υποστήριξη Ιταλών στρατιωτών και Ελλήνων συνεργατών, εισέβαλαν στο Μεσόβουνο και τους Πύργους αναζητώντας αντάρτες του ΕΛΑΣ, καθώς και Βρετανούς και Αμερικανούς στρατιώτες.

Την περίοδο εκείνη, ο πληθυσμός των Πύργων ανερχόταν σε περίπου 1.800 κατοίκους. Πριν από την είσοδο των Γερμανών, ένας μικρός αριθμός κατοίκων κατάφερε να διαφύγει και να κρυφτεί στη δασώδη περιοχή «Κουρί», στις πλαγιές του Βερμίου. Ωστόσο, οι περισσότεροι κάτοικοι παρέμειναν στο χωριό και συγκεντρώθηκαν στην πλατεία του χωριού με τη χρήση βίας από τις κατοχικές δυνάμεις. Ακολούθησε μαζική πυρπόληση, κατά την οποία κάηκαν περίπου 650 οικίες. Εξαιρέθηκαν από την καταστροφή 20 σπίτια που χρησιμοποιούνταν από Γερμανούς στρατιώτες, καθώς επίσης και τα κοινοτικά κτήρια και οι δύο εκκλησίες του χωριού.

Όσον αφορά τους κατοίκους, με εξαίρεση μια μικρή ομάδα που κατάφερε να διαφύγει από τον κλοιό των κατοχικών δυνάμεων, όσοι επιχείρησαν να ξεφύγουν εκτελέστηκαν άμεσα. Μεταξύ των θυμάτων ήταν και δύο ηλικιωμένες γυναίκες, οι οποίες λόγω της αδυναμίας τους να ακολουθήσουν, εκτελέστηκαν εν ψυχρώ. Οι υπόλοιποι, περίπου 1.400 κάτοικοι, εκτοπίστηκαν με βία και οδηγήθηκαν στην Πτολεμαΐδα, όπου τους συγκέντρωσαν σε ένα πρόχειρα στημένο στρατόπεδο συγκέντρωσης.

Την επόμενη μέρα, 24 Απριλίου, ενώ οι άμαχοι κρατούνταν στην Πτολεμαΐδα, 7 άτομα εκτελέστηκαν στη γέφυρα του χωριού Ανατολικού, κατηγορούμενοι για συνεργασία με τους αντάρτες. Παράλληλα, από τις 24 έως τις 26 Απριλίου, βίαιες επιχειρήσεις εκτυλίχθηκαν στα περίχωρα των Πύργων, στις δασώδεις περιοχές. Κατά τη διάρκεια των καταδιώξεων, 50 άμαχοι εκτελέστηκαν εν ψυχρώ, ενώ άλλοι 150 αιχμαλωτίστηκαν και φυλακίστηκαν στην εκκλησία της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα Πύργων. Τη φρούρησή τους ανέλαβαν τουρκόφωνοι και ελληνόφωνοι συνεργάτες των Ναζί από το χωριό Πελαργός, οι οποίοι κατηγορήθηκαν για λαφυραγώγηση και για άγριες κακοποιήσεις των γυναικών αιχμαλώτων. Στις 26 του μήνα, οι αιχμάλωτοι, σε μια πράξη ασύλληπτης βαρβαρότητας, αφού βασανίστηκαν άγρια, οδηγήθηκαν σε αχυρώνες της γύρω περιοχής και κάηκαν ζωντανοί.

Κατά τις τέσσερις ημέρες επίθεσης στους Πύργους, οι ναζιστικές δυνάμεις και οι συνεργάτες τους διέπραξαν πράξεις απαράμιλλης βίας. Με αμείλικτη αγριότητα, βασάνισαν, κακοποίησαν, εκτέλεσαν και έκαψαν ζωντανούς περισσότερους από 335 αθώους, ανεξαρτήτως ηλικίας ή φύλου. Το Ολοκαύτωμα των Πύργων αποτελεί ένα από τα πιο σκληρά εγκλήματα των Ναζί στην Ελλάδα και ίσως το πιο αιματοβαμμένο μετά από το ολοκαύτωμα των Καλαβρύτων τον Δεκέμβριο του 1943.

Τον Δεκέμβριο του 1998, το ελληνικό κράτος, τιμώντας τη μνήμη των θυμάτων του ολοκαυτώματος, ανακήρυξε τους Πύργους μαρτυρικό χωριό με το υπ’ αριθμ. 399/07.12.1998 Προεδρικό Διάταγμα.