Στις αρχές Μαρτίου του 1944, οι κατοχικές δυνάμεις ενέτειναν τις επιχειρήσεις «εκκαθάρισης» των ανταρτών στη Δυτική Μακεδονία. Στο πλαίσιο αυτό, οργανώθηκε η επιχείρηση με την κωδική ονομασία “Κούκος”, η οποία ξεκίνησε στις 6 Μαρτίου. Στόχος της επιχείρησης ήταν η εξάλειψη της αντάρτικης δραστηριότητας στο Βέρμιο, το οποίο οι αντάρτες χρησιμοποιούσαν ως ορμητήριο για επιθέσεις στα γύρω χωριά. Η επιχείρηση υλοποιήθηκε από μια γερμανική ομάδα μάχης υπό τον Συνταγματάρχη Άουγκουστ Ρίττερ φον Εμπερλάιν, σε συνεργασία με δωσίλογους, όπως το τάγμα του απότακτου Αντισυνταγματάρχη Γεωργίου Πούλου και τα τάγματα του Εθνικού Ελληνικού Στρατού (Ε.Ε.Σ.).

Στο πλαίσιο της επιχείρησης «Κούκος», η Ερμακιά, ένα χωριό με σλαβόφωνο πληθυσμό που χρησίμευε ως ορμητήριο του ΕΛΑΣ, τέθηκε ως πρωταρχικός στόχος. Από τις 6 έως τις 12 Μαρτίου, οι κατοχικές δυνάμεις εξαπέλυσαν τρεις επιθέσεις εναντίον της Ερμακιάς. Η Πρώτη επίθεση πραγματοποιήθηκε στις 6 Μαρτίου, με τους άνδρες του Εμπερλάιν και του Πούλου να εισβάλουν στο χωριό, πυρπολώντας περίπου 10 κατοικίες και καταδιώκοντας αντάρτες στις γύρω βουνοκορφές. Η δεύτερη επίθεση σημειώθηκε στις 8 Μαρτίου. Κατά τη διάρκειά της, η ομάδα του Εμπερλάιν, συνοδευόμενη από αυτή του Πούλου και άλλους δωσίλογους του Ε.Ε.Σ., πυρπόλησαν περίπου 50 οικίες, εκτέλεσαν 8 κατοίκους, αιχμαλώτισαν γύρω στους 50 και κατάσχεσαν σημαντικό αριθμό ζώων. Οι αιχμάλωτοι μεταφέρθηκαν στο χωριό Αμύγδαλα (σήμ. Χαραυγή) και κατόπιν σε στρατόπεδο συγκέντρωσης στην Κοζάνη. Η τρίτη επίθεση έγινε στις 10 Μαρτίου. Στη διάρκεια της εισβολής αυτής, οι κατοχικές δυνάμεις ήρθαν σε ένοπλη σύγκρουση με άνδρες του ΕΛΑΣ, οι οποίοι επιχείρησαν να καθυστερήσουν τους κατακτητές, προκειμένου οι κάτοικοι να διαφύγουν με ασφάλεια. Κατά τη διάρκεια αυτής της επίθεσης, έπεσε νεκρός ο αντάρτης Ευάγγελος Μάντζιος.

Παρά τον τερματισμό της επιχείρησης «Κούκος», οι επιθέσεις προς την Ερμακιά συνεχίστηκαν. Στις 28 Μαρτίου, το 2ο τάγμα του 7ου Συντάγματος Ες Ες, σε συνεργασία με τους άνδρες του Πούλου και του Ε.Ε.Σ., εξαπέλυσε τέταρτη επίθεση κατά του χωριού και των κατοίκων του. Κατά τη διάρκεια αυτής της επιχείρησης, εκτελέστηκαν περισσότεροι από 35 άμαχοι, ενώ άλλοι 10 αιχμαλωτίστηκανΤον Απρίλιο του 1944, οι κατοχικές δυνάμεις έθεσαν σε εφαρμογή το σχέδιο «Μαγιάτικη Καταιγίδα» (Maigenwitter), το οποίο αποσκοπούσε στον πλήρη έλεγχο των περασμάτων του ορεινού όγκου του Βερμίου και στην περικύκλωση των αντάρτικων ομάδων. Στο πλαίσιο αυτού του σχεδίου, στις 22 Απριλίου 1944, οι δυνάμεις των Ες Ες πραγματοποίησαν την πέμπτη κατά σειρά επίθεση κατά της Ερμακιάς. Το χωριό είχε ήδη ερημωθεί ως αποτέλεσμα των τεσσάρων επιδρομών που είχαν προηγηθεί. Ωστόσο, παρά την απουσία κατοίκων, οι κατακτητές σκότωσαν δύο ηλικιωμένες γυναίκες, οι οποίες είχαν παραμείνει στο χωριό.

Συνολικά, από τον Μάρτιο έως τον Απρίλιο του 1944 οι γερμανικές δυνάμεις επιτέθηκαν πέντε φορές στην Ερμακιά, πυρπολώντας οικίες, αιχμαλωτίζοντας, βασανίζοντας και εκτελώντας εν ψυχρώ τους κατοίκους της. Αν και από τη φύση της έρευνας δεν είναι δυνατό να εξακριβωθούν τα ακριβή θύματα του Ολοκαυτώματος της Ερμακίας, ωστόσο ο αριθμός των θυμάτων που εκτελέστηκαν άμεσα ή υπέκυψαν στα τραύματα που προκλήθηκαν από τις βιαιοπραγίες των κατακτητών φαίνεται να ανέρχεται σε περίπου 65.

Τον Απρίλιο του 2019, το ελληνικό κράτος, τιμώντας τη μνήμη των θυμάτων του ολοκαυτώματος, ανακήρυξε την Ερμακιά μαρτυρικό χωριό με το υπ’ αριθμ. 29/12.04.2019 Προεδρικό Διάταγμα.